マツ林か広葉樹林に生える。名前の通り、傘・ひだ・柄ともに濃い黄色。柄は下部が膨らみシメジの特徴が出ている。ひだは密。
似ているきのこに、混生林に発生するミネシメジ（食不適）アイシメジ（食用）ハエトリシメジ（食不適）がある。キシメジが傘・ひだ・柄が黄色いのに対し、３種ともひだや柄が白っぽいので区別できる。ミネシメジは始め食用とされていたが、有毒説があるため採取しない方がよい。ミネシメジはひだが疎で、傷つけるとわずかにピンク色になる。ハエトリシメジも始め食用扱いだったが、ハエも死ぬくらいだから食べない方がよい。ハエトリシメジは傘の中央が突出している。松林に発生するシモコシ（食用）は、キシメジに最も近く区別が難しい。全体がさわやかな黄色で、幼時傘はドーム型。マツの砂地やコケ上に発生し、名前の通りキシメジより発生時期が遅い。
キシメジは、おいしいきのこだが、少し苦い。個人的には、この苦さがたまらない味なのだが、好みがありそう。マツタケと一緒に、きのこご飯にすると苦みがマツタケとマッチして実にうまい。また、野菜炒めも大変おいしい。大量に採れるので塩漬けすると、翌年炒め物としておいしく食べられる。
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